L'histoire de l'abbaye est antérieure à l'arrivée du christianisme. En effet, le bâtiment actuel fut construit sur les bases d'un temple romain que Saint Martin aurait détruit lors de son passage dans le Morvan vers 376 apr. J.-C. La chapelle paléochrétienne d'origine est agrandie vers l'an 1000 pour devenir une abbaye d'envergure où une quarantaine de moines vivaient et œuvraient, rythmant la vie quotidienne de ce coin de Bourgogne aux portes du massif du Morvan.

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Malgré son histoire millénaire, l'ancienne Abbaye Saint-Martin-du-Bourg est dans un état d'abandon depuis plusieurs dizaines d'années. Sa qualité méritait pourtant un autre destin : construite dans le plus pur style roman bourguignon, le bâtiment offre une architecture traditionnelle impressionnante où chapiteaux sculptés et voûtes d'arrêtes rythment le regard. 

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L'édifice fut rythmé par la vie monastique jusqu'au début du XIV° siècle, époque à laquelle l'église seule sera gardée : le cloitre et les bâtiments conventuels furent détruits. Saint-Martin deviendra alors église paroissiale jusqu'à la Révolution française. Le bâtiment nécessitait des travaux d'envergure à la veille de la Révolution, mais sera abandonné et vendu pour pierres.

Un particulier rachètera le fond de l'impasse et transformera le bâtiment en graineteries, installant des planchers dans la hauteur de la nef restante. De cet édifice seuls restent aujourd'hui le chœur et la croisée du transept. 

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Arnaud Bachelin, propriétaire, reçoit le prix du Jeune Repreneur d'un Monument Historique en 2019 qui lui permet de lancer un programme de rénovation d'envergure qui devrait permettre l'ouverture des portes du monument à un large public et d'accueillir des évènements. Il ambitionne de partager l'histoire du lieu, d'en faire resplendir la beauté et de développer un projet local attractif, avec pour partie un musée ouvert et vivant.